Organe des Vereins sind die Mitgliederversammlung, der Vorstand und der Beirat.
Die Mitglieder des Vereins sind der Freistaat Sachsen und das Land Sachsen-Anhalt, vertreten durch ihre für die Denkmalpflege zuständigen Ministerien sowie weitere juristische Personen, wie Landeskirchen oder Stiftungen, die über einen großen Denkmalbestand verfügen und Einzelpersonen die sich mindestens einmal im Jahr zu einer Mitgliederversammlung zusammenfinden.
Der Vorstand des Vereines wird durch die Mitgliederversammlung für die Dauer von 2 Jahren gewählt und kann aus bis zu fünf Personen bestehen. Dabei ist eine paritätische Besetzung aus dem Land Sachsen und Sachsen-Anhalt zu beachten. Der Vorstand entscheidet in allen Angelegenheiten, die nicht der Mitgliederversammlung vorbehalten sind. Der Vorstand kann sich einen Geschäftsführer bestellen. Für eine Bestellung eines Geschäftsführers nach § 30 BGB ist die Zustimmung der Mitgliederversammlung erforderlich.
Bei der Festlegung und Auswertung der langfristigen Arbeits- und Untersuchungsprogramme werden Vorstand und Mitglieder des Vereins von einem Beirat mit bis zu zehn Mitgliedern aus den Bereichen Wissenschaft und Praxis und den Landeskonservatoren unterstützt. Dieser unterbreitet dazu eigene Vorschläge und gibt Empfehlungen